El nombre de Pradilla proviene posiblemente de la palabra latina «pratum», que significa prado, pradera, hierba, en diversos documentos medievales aparece como Pradella, Patrella, cuyo nombre haría referencia al verdor de su suelo gracias a la cercanía del agua del Ebro.
No se conoce fecha para el primer asentamiento en este lugar, probablemente no lohubohasta época de los árabes. El asentamiento antiguo, más cercano, que se conoce es «Val de Taus», celtíbero.
Hay que tener en cuenta que el bosque en esa época era muy extenso y ocupaba gran parte de lo que hoy son cultivos, por lo que asentarse en la proximidad del río no era fácil, además el riesgo de inundaciones era muy grande.
Tampoco conocemos cual era el cauce del río en esa época, lo que sí sabemos es que no era el mismo que hoy, pues todos sabemos la tendencia del río a cambiar de cauce, es lo que se conoce con el nombre de «curso medio meandriforme».
La primera referencia del lugar se tiene en época árabe, justo antes de su reconquista, enel año 1091 el rey de Aragón, Sancho Ramírez, dio al monasterio de Sauve-Majeure los diezmos de Ejea y Pradilla para cuando se conquistasen. Unos años después toda la comarca caerá en manos de los reyes cristianos, y en 1118 Alfonso I el Batallador conquista Zaragoza, entrando desde el actual barrio de Juslibol, habiendo cruzado el Castellar desde el castillo de Sora.
¿Qué población tenía entonces Pradilla y qué fue de ella? Sabemos que la zona estaba prácticamente deshabitada. En el caso de Tauste se dio un gran esfuerzo por parte del rey para atraer población a la Villa. La Carta Puebla contiene una serie de privilegios para todos los habitantes de Tauste y para aquellos que quisieran venir a vivir allí.
En Pradilla posiblemente vivieran cinco o seis familias dedicadas al cuidado del castillo y a la vigilancia del Ebro, esas mismas familias continuarían después de la reconquista, eso sí cambiando de religión, como ya hicieran sus antepasados.
La evolución histórica sobre pertenencia y división administrativa de la localidad sufrió diversas modificaciones: se llamó Pradilla hasta 1860 y desde 1873 se conoce como Pradilla de Ebro. Entre 1154 y 1337 tuvo el nombre de villa.
Se vio afectada junto con la comarca de las Cinco Villas en las guerras entre navarros y aragoneses durante el siglo XII. Durante el siglo XII debió ser tierra de realengo hasta que en 1154 el rey de Navarra dio a Doña Ezo el castillo y villa de Pradilla, confirmado en 1159 por Ramón Berenguer IV. Debió volver a manos reales, porque en 1170 Alfonso II dio a la Orden del Temple todo lo que tenía en Pradilla. Con la expulsión de la orden vuelve a manos de Pedro II, Desde entonces pertenecerá continuamente a diversas familias nobiliarias.
En 1495 es sobrecudilla de Tarazona, división importante pues controlaba los caminos de acceso a Castilla y a Navarra. En 1646 es Vereda de Tarazona. Desde 1711 a 1833 será corregimiento de Zaragoza, aun perteneciendo a la comarca de Tauste, pues era lugar de señorío. En 1834 posee ayuntamiento y es adscrita al partido judicial de Ejea.
En 1785 se conoce como señorío secular. Antonio Ubieto en su Historia de Aragón la clasifica como lugar, secular, con alcalde pedáneo de señorío (APS).
Pradilla debió mantener durante toda la Edad Media el carácter de punto de vigilancia del río Ebro, sin desarrollarse una actividad económica intensa, por lo que la población nunca fue numerosa. Cuando se conquisto a los árabes, continuó con la misma función, más si cabe pues las tensiones y enfrentamientos con los reinos de Navarra y Castilla eran frecuentes. La población que se encargaba del cuidado y vigilancia del castillo y de la zona, debió ser obligada a convertirse al cristianismo desde un primer momento, o sustituida por pobladores cristianos. Lo que sí se puede asegurar con cierta seguridad es que no se les permitió seguir siendo moriscos, dado el carácter defensivo del emplazamiento, al contrario que en la mayoría de los pueblos de la ribera del Ebro, donde permanecieron hasta 1610. Esto, junto con la intensa colonización que estas tierras sufrieron a finales del siglo XVIII con la expansión de los regadíos por el Canal de Tauste, determina que los vestigios árabes en la onomástica hayan desaparecido.
La demografía histórica nos proporciona los siguientes datos:
En 1495: 16 fuegos.
En 1713: 30 vecinos.
En 1543: 16 fuegos.
De 1717 a 1787: 18 vecinos.
En 1609: 16 fuegos.
En 1797: 60 vecinos.
En 1646: 20 fuegos.
En el censo de Madoz se registran 70 casas, 64 vecinos y 309 almas.
En 1857 se registraron 596 hab.